À la confluence de l'Autoire et de la Bave, au sud de Bretenoux, Saint-Michel-Loubéjou se trouve dans le nord-est du département du Lot, en région Occitanie. La commune appartient à la Limargue, région naturelle formant une dépression verdoyante entre les causses du Quercy et le Ségala quercynois. Ses voisines sont Autoire, Belmont-Bretenoux, Bretenoux, Cornac, Prudhomat, Saint-Jean-Lespinasse et Saint-Médard-de-Presque. Drainée par la Bave, le ruisseau de Goutal et d'autres cours d'eau, elle se situe dans la zone de transition du bassin de la Dordogne, reconnu réserve de biosphère par l'UNESCO en 2012, et compte trois zones naturelles d'intérêt écologique, dont le « bassin du Mamoul ». Commerce, transports, hébergement et restauration y représentent le premier secteur d'activité. Pour signaler un problème de voirie, une défaillance de l'éclairage public, un dépôt sauvage ou un défaut d'entretien des espaces verts, les Saint-Michelois et Saint-Micheloises transmettent leur demande à la mairie de Saint-Michel-Loubéjou via Signaleo.

Ecole élémentaire publique