Riveraine de la Dordogne, Saint-Jean-de-Blaignac se situe dans le département de la Gironde, en région Nouvelle-Aquitaine, sur la D 670 qui relie Libourne à La Réole. Ses communes limitrophes sont Rauzan, Saint-Aubin-de-Branne, Saint-Vincent-de-Pertignas et Sainte-Terre. La commune fait partie des communes concernées par le site Natura 2000 « La Dordogne », où seize espèces animales et une espèce végétale d'intérêt européen ont été répertoriées, ainsi que par la zone naturelle d'intérêt écologique, faunistique et floristique de type II du même nom. Pour signaler un problème de voirie, un lampadaire défaillant, un dépôt sauvage ou un défaut d'entretien des espaces verts, les habitants transmettent leur demande à la mairie de Saint-Jean-de-Blaignac via Signaleo.

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