Étiré sur la rive gauche de l'Oise, Pontoise-lès-Noyon est un village-rue de l'Oise, en région Hauts-de-France, dont la plupart des maisons bordent la D934 qui mène de Noyon à Soissons. Le ru de Belle Fontaine, sur lequel existait un moulin à eau en 1750, traverse le village du sud-est au nord-ouest. Le hameau de Couarcy se trouve au sud-ouest, lui aussi sur la rive gauche de la rivière. La commune est limitrophe de Caisnes, Carlepont, Cuts, Morlincourt, Noyon, Sempigny et Varesnes. Située dans le bassin Seine-Normandie, elle est drainée par l'Oise, le ru de Belle Fontaine, le ru des Trouées et d'autres petits cours d'eau. Pour signaler un dépôt sauvage, un problème de voirie, une défaillance de l'éclairage public ou un défaut d'entretien des espaces verts, les habitants transmettent leur demande à la mairie de Pontoise-lès-Noyon via Signaleo.

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