Sur le tracé initial de l'ancienne route nationale 1, Fontaine-Lavaganne est un village du Beauvaisis, sur le Plateau picard, dans le département de l'Oise, en région Hauts-de-France. Il jouxte au nord Marseille-en-Beauvaisis et se trouve à 21 km au nord-ouest de Beauvais, à 21 km au nord-est de Gournay-en-Bray et à 8 km au sud de Grandvilliers. En 1833, Louis Graves décrivait un territoire traversé par deux ravins courant du nord au midi, qui se réunissent sous le chef-lieu. La commune est drainée par le ru de l'Herboval, dans le bassin Seine-Normandie, et se tient à la limite de deux entités paysagères, dont la Picardie verte. Le hameau de Verte-Fontaine a accueilli en août 2022 la troisième édition de la journée « Labour », consacrée à l'agriculture d'hier et d'aujourd'hui, avec tracteurs anciens, démonstrations et produits du terroir. Pour signaler un nid-de-poule, un dépôt sauvage ou un éclairage public défaillant, les habitants s'adressent à la mairie de Fontaine-Lavaganne via Signaleo.

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