Riveraine de la Dordogne, Flaujagues se situe dans le département de la Gironde, en région Nouvelle-Aquitaine, en limite du département de la Dordogne. La commune est limitrophe de quatre autres communes, dont une située en Dordogne, et au sud-est son territoire s'approche à moins de 300 mètres de celui de Saint-Seurin-de-Prats. Ses habitants sont les Flaujaguais. La rivière Dordogne, qui borde la commune, est inscrite au réseau Natura 2000 et à l'inventaire des zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique, avec de nombreuses espèces animales et végétales répertoriées. Le territoire, rural et à l'habitat dispersé, est largement agricole : les cultures permanentes et les zones agricoles variées dominent, devant les terres arables et les prairies, tandis que les eaux continentales rappellent la présence du cours d'eau. Pour signaler un problème de voirie, une défaillance de l'éclairage public, un défaut d'entretien des espaces verts ou un dépôt sauvage, les habitants transmettent leur demande à la mairie de Flaujagues via Signaleo.

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