Logée à l'intérieur du coude que dessine le Rhône, Brégnier-Cordon est la commune la plus méridionale du département de l'Ain, en région Auvergne-Rhône-Alpes, aux confins de la Savoie et de l'Isère. Elle se trouve à 20 km au sud de Belley, à 40 km au nord-ouest de Chambéry et à 80 km à l'est de Lyon. Son territoire s'étend dans la plaine du Rhône, au pied des dernières hauteurs du massif du Jura, la montagne de Brégnier et le mont de Cordon, entre 203 et 460 mètres d'altitude. Bordée par le Rhône au sud et à l'ouest et par le Gland au nord, la commune est traversée par le canal de dérivation de Brégnier-Cordon. Le lac de Glandieu, près du hameau du même nom, est un lieu de baignade apprécié ; le lac de Pluvis a disparu en 1981 lors du creusement du canal, comme plusieurs bras du fleuve appelés « lônes ». Chaque année, le comité des fêtes organise la fête du plan d'eau de Glandieu, avec feu d'artifice, ainsi qu'un vide-grenier fin août. Les habitants sont appelés les Brégnolans. Pour signaler un dépôt sauvage, un problème de voirie, un lampadaire en panne ou un espace vert négligé, les habitants transmettent leur demande à la mairie de Brégnier-Cordon via Signaleo.

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