Au bord de l'estuaire de la Gironde, Bégadan se trouve dans le Médoc, en Gironde, dans la région Nouvelle-Aquitaine. La commune fait face, sur la rive droite de l'estuaire, à Floirac, Saint-Fort-sur-Gironde et Saint-Dizant-du-Gua, qui figurent parmi ses communes limitrophes. Elle appartient à l'aire d'attraction de Lesparre-Médoc, dont elle est une commune de la couronne, et se situe hors de toute unité urbaine. L'Insee la classe parmi les communes rurales à habitat dispersé. Commune médocaine, elle occupe ainsi la rive gauche de l'estuaire, en vis-à-vis de ses voisines de la rive droite. Pour signaler un problème de voirie, une défaillance de l'éclairage public, un dépôt sauvage ou un défaut d'entretien des espaces verts, les habitants transmettent leur demande à la mairie de Bégadan via Signaleo.

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